1. 食物取样
用作转基因食物检测的样本，必须赋有代表性，也必须符合满足的检测数量，检测的结果才不超过检测范围。例如，所检测的大豆和果仁中基因改造DNA数量不可以低于0.1%的水平(千份之一)；还有，样本中至少有5,000至10,000粒大豆或果仁，作为检测的必须数量，关于混合加工的食物制品，200克样本已符合进行灵敏度为0.1%的检测标准。
2. 抽取DNA
属于难度最高的步骤，从样本里提取高质量的DNA，潜在的困难有许多，包含DNA被空气的污染；通过处理加工的食物中DNA的含量过少，难以提取；在预备样本时，由于抑制剂的存在，影响“聚合酶链锁反应”的操作等等。
3. PCR——“聚合酶链锁反应”扩增技术
提取出高质量DNA今后，使用“聚合酶链锁反应 (PCR)”利术来扩增基因片断的数量，选用对照测量原理，以“聚合酶链锁反应”扩增三个不同的DNA片段，其间任意一个都为独立的检测结果。假设遇上不一致的状况，就需要重做从提取样本到剖析DNA的步骤，进一步验证结果的准确性。至于检测的正对照与负对照间的范围，检测时应同时进行对照试验，然后避免假结果的出现。
