1、申请
申请者向中心（分中心）提出正式申请，填写申请表和交纳申请费。申请者填写有机食品认证申请书，收取检查合同、有机食品认证调查表、有机食品认证的基本要求、有机认证书面材料清单、申请者许诺书等文件。申请者按《有机食品认证技术准则》要求建立：质量管理体系；生产过程操控体系；追寻体系。
2、认证中心核定费用预算并拟定开始的检查计划
认证中心依据申请者供给的项目状况，预算检查时间，一般需求2次检查：生产过程一次、加工一次，并据此预算认证费用和拟定开始检查计划。
3、签定认证检查合同
申请者与认证中心签定认证检查合同，一式三份；
交纳预算认证费用的50%；
填写有关状况调查表并准备相关材料；
指定内部检查员（生产、加工各至少1人）；
一切材料均使用文件、电子文档各一份，寄或E-mail给分中心。
4、初审
分中心对申请者材料进行初审；
对申请者进行归纳检查；
分中心将初审定见反应认证中心；
分中心将申请者提交的电子文档E-mail至认证中心。
5、实地检查评价
认证中心在承认申请者交纳颁证所需的各项费用；
派出经认证中心认可的检查员；
检查员从分中心获得申请者相关材料，依据《有机食品认证技术准则》，对申请者的质量管理体系、生产过程操控体系、追寻体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评价，必要时需对土壤、产品取样检测。
6、编写检查报告
检查员完结检查后，按认证中心要求编写检查报告；
该报告在检查完结2周内将文档、电子文本交认证中心；
分中心将申请者文本材料交认证中心。
7、归纳检查评价定见
认证中心依据申请者供给的调查表、相关材料和检查员的检查报告进行归纳检查评价，编制颁证评价表，提出评价定见提交颁证委员会审议。
8、颁证委员会抉择
颁证委员会定时举行颁证委员会工作会议，对申请者的基本状况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评价定见等材料进行全面检查，作出是否颁布有机证书的决议。
9、颁布证书
依据颁证委员会抉择，向契合条件的申请者颁布证书。申请者交纳认证费剩下部分，认证中心向获证申请者颁布证书；获有条件颁证申请者要按认证中心提出的定见进行改善做出书面许诺。
10.有机食品标志的使用
依据证书和《有机食（产）品标志使用规章》的要求，签定《有机食（产）品标志使用许可合同》，并处理有机/有机变换标志的使用手续。
11．保持认证
有机食品认证证书有效期为1年，在新的年度里，COFCC会向获证企业宣布《保持认证告诉》。
获证企业在收到《保持认证告诉》后，应按照要求提交认证材料、与联系人交流断定实地检查时间并及时交纳相关费用。
保持认证的文件审核、实地检查、归纳评定、颁证决议的程序同初度认证。
